В фондах музея хранится более 1,3 млн эскпонатов, отражающих историю Санкт-Петербурга с момента его основания до настоящего времени. Центром музея является памятник архитектуры, истории и фортификационного искусства XVIII-XX веков - Петропавловская крепость, где располагаются экспозиции и временные выставки музея. Петропавловский собор, усыпальница Императорского Дома Романовых - доминанта архитектурного ансамбля музея, один из Санкт-Петербурга.