Васюганские болота расположены на границе нескольких регионов России — Новосибирской, Томской, Тюменской, Омской областей и захватывают часть Ханты-Мансийского автономного округа. Из них берут начало крупные притоки Иртыша и Оби — Васюган, Парабель, Чая, Шегарка, река Омь, реки Тара, Шиш, Тарас.